Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. eDjVu unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von eDjVu unterstützten Basisdateien sind .DJV. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in eDjVu zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von eDjVu verwendet werden.
Mit eDjVu können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über eDjVu öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von eDjVu unterstützten Dateiformat zu speichern.