Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. EclipseLink unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von EclipseLink unterstützten Basisdateien sind .DDL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in EclipseLink zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von EclipseLink verwendet werden.
Mit EclipseLink können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über EclipseLink öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von EclipseLink unterstützten Dateiformat zu speichern.