Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. EclipseCrossword unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von EclipseCrossword unterstützten Basisdateien sind .ECW2002WORDS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in EclipseCrossword zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von EclipseCrossword verwendet werden.
Mit EclipseCrossword können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über EclipseCrossword öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von EclipseCrossword unterstützten Dateiformat zu speichern.