Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. eBook Pro unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von eBook Pro unterstützten Basisdateien sind .EBK. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in eBook Pro zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von eBook Pro verwendet werden.
Mit eBook Pro können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über eBook Pro öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von eBook Pro unterstützten Dateiformat zu speichern.