Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. EasyChem unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von EasyChem unterstützten Basisdateien sind .ECH. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in EasyChem zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von EasyChem verwendet werden.
Mit EasyChem können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über EasyChem öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von EasyChem unterstützten Dateiformat zu speichern.