Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Duke Nukem 3D unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Duke Nukem 3D unterstützten Basisdateien sind .ANM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Duke Nukem 3D zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Duke Nukem 3D verwendet werden.
Mit Duke Nukem 3D können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Duke Nukem 3D öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Duke Nukem 3D unterstützten Dateiformat zu speichern.