Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. DSemu unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von DSemu unterstützten Basisdateien sind .NDS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in DSemu zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von DSemu verwendet werden.
Mit DSemu können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über DSemu öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von DSemu unterstützten Dateiformat zu speichern.