Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Doxygen unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Doxygen unterstützten Basisdateien sind .DOCSET. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Doxygen zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Doxygen verwendet werden.
Mit Doxygen können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Doxygen öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Doxygen unterstützten Dateiformat zu speichern.