Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Doom II unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Doom II unterstützten Basisdateien sind .MJ3. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Doom II zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Doom II verwendet werden.
Mit Doom II können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Doom II öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Doom II unterstützten Dateiformat zu speichern.