Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Doom 3 unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von Doom 3 unterstützten Basisdateien sind .SAVE. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Doom 3 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Doom 3 verwendet werden.
Mit Doom 3 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Doom 3 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Doom 3 unterstützten Dateiformat zu speichern.