Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. DiskDoubler unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von DiskDoubler unterstützten Basisdateien sind .DDAP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in DiskDoubler zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von DiskDoubler verwendet werden.
Mit DiskDoubler können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über DiskDoubler öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von DiskDoubler unterstützten Dateiformat zu speichern.