Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. DiscJuggler unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von DiscJuggler unterstützten Basisdateien sind .CDI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in DiscJuggler zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von DiscJuggler verwendet werden.
Mit DiscJuggler können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über DiscJuggler öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von DiscJuggler unterstützten Dateiformat zu speichern.