Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Directory Toolkit unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Directory Toolkit unterstützten Basisdateien sind .DTO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Directory Toolkit zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Directory Toolkit verwendet werden.
Mit Directory Toolkit können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Directory Toolkit öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Directory Toolkit unterstützten Dateiformat zu speichern.