Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Deus Ex unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Deus Ex unterstützten Basisdateien sind .UTX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Deus Ex zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Deus Ex verwendet werden.
Mit Deus Ex können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Deus Ex öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Deus Ex unterstützten Dateiformat zu speichern.