Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. DepPrep unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von DepPrep unterstützten Basisdateien sind .CM5. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in DepPrep zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von DepPrep verwendet werden.
Mit DepPrep können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über DepPrep öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von DepPrep unterstützten Dateiformat zu speichern.