Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Dedexer unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Dedexer unterstützten Basisdateien sind .DEX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Dedexer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Dedexer verwendet werden.
Mit Dedexer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Dedexer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Dedexer unterstützten Dateiformat zu speichern.