Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. DASHEncoder unterstützt mindestens 8 verschiedene Dateiendungen. Die von DASHEncoder unterstützten Basisdateien sind .MKV. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in DASHEncoder zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von DASHEncoder verwendet werden.
Mit DASHEncoder können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über DASHEncoder öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von DASHEncoder unterstützten Dateiformat zu speichern.