Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Daring Fireball Markdown unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Daring Fireball Markdown unterstützten Basisdateien sind .MD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Daring Fireball Markdown zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Daring Fireball Markdown verwendet werden.
Mit Daring Fireball Markdown können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Daring Fireball Markdown öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Daring Fireball Markdown unterstützten Dateiformat zu speichern.