Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Daedalus unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Daedalus unterstützten Basisdateien sind .ROM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Daedalus zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Daedalus verwendet werden.
Mit Daedalus können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Daedalus öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Daedalus unterstützten Dateiformat zu speichern.