Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Cydia unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Cydia unterstützten Basisdateien sind .DEB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Cydia zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Cydia verwendet werden.
Mit Cydia können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Cydia öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Cydia unterstützten Dateiformat zu speichern.