Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CuteFTP unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von CuteFTP unterstützten Basisdateien sind .SFO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CuteFTP zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CuteFTP verwendet werden.
Mit CuteFTP können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CuteFTP öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CuteFTP unterstützten Dateiformat zu speichern.