Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Cubasis unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Cubasis unterstützten Basisdateien sind .ALL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Cubasis zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Cubasis verwendet werden.
Mit Cubasis können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Cubasis öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Cubasis unterstützten Dateiformat zu speichern.