Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Cryptra unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Cryptra unterstützten Basisdateien sind .CRYPTRA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Cryptra zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Cryptra verwendet werden.
Mit Cryptra können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Cryptra öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Cryptra unterstützten Dateiformat zu speichern.