Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CrossOver unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von CrossOver unterstützten Basisdateien sind .LNK. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CrossOver zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CrossOver verwendet werden.
Mit CrossOver können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CrossOver öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CrossOver unterstützten Dateiformat zu speichern.