Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Covoxer unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Covoxer unterstützten Basisdateien sind .VMD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Covoxer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Covoxer verwendet werden.
Mit Covoxer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Covoxer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Covoxer unterstützten Dateiformat zu speichern.