Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CoverFactory unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von CoverFactory unterstützten Basisdateien sind .CFP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CoverFactory zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CoverFactory verwendet werden.
Mit CoverFactory können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CoverFactory öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CoverFactory unterstützten Dateiformat zu speichern.