Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CopyTrans unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von CopyTrans unterstützten Basisdateien sind .WHB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CopyTrans zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CopyTrans verwendet werden.
Mit CopyTrans können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CopyTrans öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CopyTrans unterstützten Dateiformat zu speichern.