Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Cool Reader unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von Cool Reader unterstützten Basisdateien sind .FB2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Cool Reader zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Cool Reader verwendet werden.
Mit Cool Reader können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Cool Reader öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Cool Reader unterstützten Dateiformat zu speichern.