Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Control Runner unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Control Runner unterstützten Basisdateien sind .BT3. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Control Runner zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Control Runner verwendet werden.
Mit Control Runner können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Control Runner öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Control Runner unterstützten Dateiformat zu speichern.