Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Connected Components Workbench unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Connected Components Workbench unterstützten Basisdateien sind .CCWSLN. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Connected Components Workbench zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Connected Components Workbench verwendet werden.
Mit Connected Components Workbench können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Connected Components Workbench öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Connected Components Workbench unterstützten Dateiformat zu speichern.