Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Commandos 3 unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Commandos 3 unterstützten Basisdateien sind .PCK. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Commandos 3 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Commandos 3 verwendet werden.
Mit Commandos 3 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Commandos 3 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Commandos 3 unterstützten Dateiformat zu speichern.