Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy unterstützten Basisdateien sind .CK3. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy verwendet werden.
Mit Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Commander Keen: Invation of the Vorticons Trilogy unterstützten Dateiformat zu speichern.