Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Comix unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Comix unterstützten Basisdateien sind .CBR. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Comix zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Comix verwendet werden.
Mit Comix können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Comix öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Comix unterstützten Dateiformat zu speichern.