Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Comic Seer unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Comic Seer unterstützten Basisdateien sind .CBR. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Comic Seer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Comic Seer verwendet werden.
Mit Comic Seer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Comic Seer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Comic Seer unterstützten Dateiformat zu speichern.