Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CocoModX unterstützt mindestens 14 verschiedene Dateiendungen. Die von CocoModX unterstützten Basisdateien sind .PTM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CocoModX zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CocoModX verwendet werden.
Mit CocoModX können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CocoModX öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CocoModX unterstützten Dateiformat zu speichern.