Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. COBOL IDE Project unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von COBOL IDE Project unterstützten Basisdateien sind .CBL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in COBOL IDE Project zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von COBOL IDE Project verwendet werden.
Mit COBOL IDE Project können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über COBOL IDE Project öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von COBOL IDE Project unterstützten Dateiformat zu speichern.