Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CLwin unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von CLwin unterstützten Basisdateien sind .SRL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CLwin zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CLwin verwendet werden.
Mit CLwin können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CLwin öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CLwin unterstützten Dateiformat zu speichern.