Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Clustify unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Clustify unterstützten Basisdateien sind .CYO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Clustify zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Clustify verwendet werden.
Mit Clustify können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Clustify öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Clustify unterstützten Dateiformat zu speichern.