Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Clonk unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von Clonk unterstützten Basisdateien sind .C4G. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Clonk zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Clonk verwendet werden.
Mit Clonk können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Clonk öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Clonk unterstützten Dateiformat zu speichern.