Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ClickOnce unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von ClickOnce unterstützten Basisdateien sind .MANIFEST. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ClickOnce zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ClickOnce verwendet werden.
Mit ClickOnce können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ClickOnce öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ClickOnce unterstützten Dateiformat zu speichern.