Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CLEO unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von CLEO unterstützten Basisdateien sind .CM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CLEO zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CLEO verwendet werden.
Mit CLEO können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CLEO öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CLEO unterstützten Dateiformat zu speichern.