Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ClamXav unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von ClamXav unterstützten Basisdateien sind .NDB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ClamXav zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ClamXav verwendet werden.
Mit ClamXav können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ClamXav öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ClamXav unterstützten Dateiformat zu speichern.