Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Civilization 3 unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Civilization 3 unterstützten Basisdateien sind .BIX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Civilization 3 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Civilization 3 verwendet werden.
Mit Civilization 3 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Civilization 3 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Civilization 3 unterstützten Dateiformat zu speichern.