Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CityEngine unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von CityEngine unterstützten Basisdateien sind .3WS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CityEngine zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CityEngine verwendet werden.
Mit CityEngine können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CityEngine öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CityEngine unterstützten Dateiformat zu speichern.