Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CinePaint unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von CinePaint unterstützten Basisdateien sind .XCF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CinePaint zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CinePaint verwendet werden.
Mit CinePaint können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CinePaint öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CinePaint unterstützten Dateiformat zu speichern.