Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CHARMM unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von CHARMM unterstützten Basisdateien sind .CHARMM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CHARMM zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CHARMM verwendet werden.
Mit CHARMM können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CHARMM öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CHARMM unterstützten Dateiformat zu speichern.