Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CCleaner unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von CCleaner unterstützten Basisdateien sind .ZZZ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CCleaner zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CCleaner verwendet werden.
Mit CCleaner können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CCleaner öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CCleaner unterstützten Dateiformat zu speichern.