Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Carbon Copy Cloner unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Carbon Copy Cloner unterstützten Basisdateien sind .SPARSEIMAGE. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Carbon Copy Cloner zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Carbon Copy Cloner verwendet werden.
Mit Carbon Copy Cloner können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Carbon Copy Cloner öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Carbon Copy Cloner unterstützten Dateiformat zu speichern.