Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. CAESAR II unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von CAESAR II unterstützten Basisdateien sind .CII. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in CAESAR II zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von CAESAR II verwendet werden.
Mit CAESAR II können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über CAESAR II öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von CAESAR II unterstützten Dateiformat zu speichern.