Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. BrainWave Generator unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von BrainWave Generator unterstützten Basisdateien sind .BWG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in BrainWave Generator zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von BrainWave Generator verwendet werden.
Mit BrainWave Generator können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über BrainWave Generator öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von BrainWave Generator unterstützten Dateiformat zu speichern.